当院は、平成11年4月に、第2種感染症指定医療機関となり、二類感染症（急性灰白髄炎、ジフテリア、重症急性呼吸器症候群（病原体がコロナウイルス属SARSコロナウイルスであるものに限る。）、鳥インフルエンザ（病原体がインフルエンザウイルスA属インフルエンザAウイルスであってその血清亜型がH5N1であるものに限る。））、または、新型インフルエンザ、コロナウイルス感染症感染症等の患者の入院を担当しています。
新型インフルエンザ感染症、コロナウイルス感染症感染症等の措置入院については、旧伝染病隔離病舎を、日田市、玖珠町、九重町の補助を受け改修し、対応しています。

また、新型インフルエンザ、コロナウイルス感染症感染症等の外来対応については、初期対応医療機関として、大分県の補助を受け、正面玄関横に外来棟を増築しています。
診療については西部保健所並びに日田市医師会との緊密な連携体制を構築し対応を行っています。

感染症患者さんの診療は通常の診療とは隔離したうえで行い、入院患者は専用の病棟で対応しています。
なお新型コロナウイルスを疑われる患者さんの直接の受診はお受けできません。
発熱や風邪症状等がある場合には、まずは「かかりつけ医など身近な医療機関」に電話相談をお願いします。
どこの医療機関に相談するか迷う場合やかかりつけ医等の診療時間外は、大分県設置の「受診相談センター（097-506-2755：24時間対応）」に電話相談をお願いします。